Xserver では全プランで独自SSLの無料提供が開始されましたので早速利用してみました。
whois 情報、DNS設定、コモンネームを確認して追加→無事成功。
けれどもサブドメインの幾つかではエラーが発生。

エラーメッセージの内容に従って確認したり時間をおいても解決しないのでメールサポートに調査を依頼したところ、
htacess に記載しているリダイレクトが悪影響を与えていたとのこと。
一時的にリダイレクト記述をコメント化して、独自SSLを追加し、追加が成功したのを確認してコメント化を解除して解決しました。

SSL証明書の更新時にも同じ現象が起こる可能性がある、とのことなので覚書。